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破天機:2方面了解CRISPR基因編輯技術(shù)讓你輕松地“編輯”基因

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日期:2025-04-26 17:53:57

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  作者詹尼佛·A·杜德娜,博士,加州大學(xué)伯克利分校分子與細(xì)胞生物學(xué)系、化學(xué)系教授,霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所研究員,勞倫斯·伯克利國家實驗室分子生物物理學(xué)與整合生物成像部研究員。她是RNA與蛋白質(zhì)生物化學(xué)、CRISPR生物學(xué)與基因組工程方面的世界級專家,美國科學(xué)院、美國藝術(shù)與科學(xué)院院士。

  塞繆爾·H·斯坦伯格,博士,生物化學(xué)家,哥倫比亞大學(xué)生物化學(xué)與分子生物物理學(xué)系助理教授,曾發(fā)表過多篇關(guān)于CRISPR技術(shù)的高影響力論文?,F(xiàn)居紐約。

  本書分為上下兩篇,上篇介紹了CRISPR基因編輯技術(shù)的誕生過程和技術(shù)原理,下篇則主要討論了作者對基因編輯技術(shù)未來應(yīng)用的看法。通過圍繞CRISPR基因編輯技術(shù)進(jìn)行論述,作者向讀者展示了生命的天機是如何被科學(xué)家們參破的,以及“破天機”對人類未來的重大意義。

  基因編輯的原理和意義到底是怎么回事?CRISPR技術(shù)又是如何誕生的?我們知道,人類很多疾病的出現(xiàn),并不是身體的某個部位受了損傷,而是細(xì)胞里的基因出了問題。

  比如,有一種叫WHIM綜合征的罕見遺傳病,它的起因就是人的基因里出現(xiàn)了一處小錯誤。人的基因是細(xì)胞核里雙螺旋形狀的DNA,DNA的基本組成單位是4種脫氧核糖核酸分子,這四種分子因為其中一個叫“堿基”的組成部分有所不同,在生物學(xué)里分別用英文字母A、G、T、C表示,每兩個脫氧核糖核酸通過堿基配對形成一對,左右相互延伸就成了DNA雙螺旋長鏈。

  人體內(nèi)的基因,有大約32億個堿基對,而WHIM綜合征,就是因為其中1個堿基對發(fā)生了錯誤變異,導(dǎo)致患者特別容易被“人瘤病毒”(HPV病毒)感染,最終患上癌癥。當(dāng)然,除了WHIM綜合征,還有其他大量疾病,比如鐮刀型細(xì)胞貧血癥、乙型地中海貧血癥等,都是由人體基因的錯誤改變引發(fā)的。

  要想根治這些疾病,很顯然需要從基因?qū)用嫒胧?,修?fù)患者體內(nèi)的錯誤基因,這就是人們對基因編輯的最迫切需求。那我們該怎么修改基因呢?細(xì)胞本來就無比微小,基因又只是細(xì)胞里的一系列分子,顯然,我們不可能在宏觀層面對基因進(jìn)行任何操作。微觀問題只能用微觀手段來解決,科學(xué)家們?yōu)榇俗隽撕芏鄧L試。

  病毒不能獨立生存,只能寄生在細(xì)胞里才能生存和繁衍,具體方式就是病毒先進(jìn)入宿主的細(xì)胞,然后通過巧妙的手段,把自己的DNA注射進(jìn)入宿主的DNA,借助細(xì)胞完成自己的生命活動。病毒在億萬年的時間里,早就摸透了細(xì)胞的各種弱點,非常擅長這套把戲。所以,在20世紀(jì)70年代,科學(xué)家們就開始嘗試通過病毒來改變細(xì)胞里的基因,把治療性的基因先引入到病毒的基因,再借助病毒之手,轉(zhuǎn)移到細(xì)胞的基因里。

  這種方法確實成功過,但問題也有很多,比如,病毒可能會引發(fā)嚴(yán)重的免疫反應(yīng),而且病毒把新的基因片段插到哪兒,也很難控制。插到不同位置,可能會有完全不同的效果,所以這種盲目的基因編輯,在實際應(yīng)用中有很大的風(fēng)險和局限。

  所以,科學(xué)家們必須尋找新的基因編輯方法。經(jīng)過不斷摸索,科學(xué)家們逐漸找到一個可行的思路,那就是先確定要在基因的哪個位置進(jìn)行編輯,然后在這個位置上先把基因給切開,再提供需要替換的新基因片段。在這種情況下,細(xì)胞就會自動把新舊片段連接在一起,這樣我們就能控制基因編輯的具置了。為了做到這一點,科學(xué)家們需要發(fā)明一種基因操作工具,這套工具必須具備三個特點:第一是它要能識別特定的DNA序列,第二是能切開DNA雙鏈,第三是它必須易于重新編輯,以便在不同的任務(wù)中識別不同的DNA序列。

  在尋找這套工具的過程中,科學(xué)家們首先盯上了一種Ⅰ型內(nèi)切酶,這種酶的效果很不錯,它能切開DNA雙鏈,而且,只有在準(zhǔn)確識別18個連續(xù)的DNA堿基之后,才會開始剪切。這有點類似于特工執(zhí)行任務(wù)前,需要先核對暗號。這個暗號的長度非常重要,它不能太簡單,比如,如果內(nèi)切酶識別的堿基數(shù)量只有6個,那么,人體基因里的32億個堿基對,可能就存在著幾十萬個對應(yīng)的剪切點,那就必然出錯。而Ⅰ型內(nèi)切酶讓定位的精準(zhǔn)度大大提高,所以,它確實有潛力成為一種優(yōu)秀的基因編輯工具。

  但是科學(xué)家們發(fā)現(xiàn),Ⅰ型內(nèi)切酶雖然能識別特定的DNA序列,也能切開DNA雙鏈,但它無法重新編輯,也就是不滿足基因操作工具的第三個必備特點。那怎么辦呢?

  于是,作者的CRISPR技術(shù)登場了。因為一次工作中的機緣巧合,作者從其他學(xué)者那里了解到CRISPR,這是一組英文單詞的縮寫,直譯過來是“規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列”。簡單來說,CRISPR是科學(xué)家們在細(xì)菌的基因里發(fā)現(xiàn)的一段DNA序列,這個序列很長,由很多重復(fù)片段和間隔片段組成。在這段序列里,也有很多完全一樣的重復(fù)片段,這些重復(fù)片段中間,夾著長度相似但序列不同的間隔片段。經(jīng)過研究發(fā)現(xiàn),那些不同的間隔片段,竟然和很多病毒的DNA片段完全吻合。而且,那些擁有CRISPR序列的細(xì)菌,和病毒匹配的片段越多,它們被病毒感染的概率就越小。這就暗示,CRISPR序列很可能和細(xì)菌抵抗病毒的入侵有關(guān)。后來科學(xué)家們果然證明,在病毒入侵細(xì)菌之后,細(xì)菌體內(nèi)的CRISPR序列就會開始運轉(zhuǎn),制造出一條條和病毒DNA配對的RNA(也就是核糖核酸)短鏈。這些RNA短鏈,能靶向鎖定病毒的DNA分子,并在切割酶的配合下,把它們切成碎片,這樣就完成了自我防御。

  CRISPR序列的作用原理,簡單概括就是,病毒要想入侵細(xì)菌,就要把自己的DNA分子注射到細(xì)菌體內(nèi),然后自我復(fù)制,而細(xì)菌為了對抗這一過程,就在自己的DNA分子里,記下病毒DNA分子的樣子,然后按圖索驥,在遭到入侵時鎖定入侵者的DNA,然后把這些DNA破壞掉。而且更強大的是,CRISPR序列還擁有記憶學(xué)習(xí)功能,當(dāng)新型病毒入侵細(xì)菌之后,細(xì)菌會記錄下新的入侵者的DNA序列,添加到CRISPR序列里,這樣下次面對這類病毒,也就有了對抗能力。

  同時,科學(xué)家還發(fā)現(xiàn),只要細(xì)菌基因里有CRISPR序列,附近就一定會有另一個基因,這個基因被稱作cas基因。實驗證明,cas基因編碼出的一系列蛋白質(zhì),和CRISPR序列的功能有密切關(guān)系,其中比較重要的是cas9蛋白質(zhì)。這個蛋白質(zhì)實際上是一種酶,它的主要功能是切開DNA雙鏈。

  作者的團(tuán)隊發(fā)現(xiàn),cas9蛋白質(zhì)要想發(fā)揮功能,需要和兩種RNA分子密切配合,分別是CRISPR序列轉(zhuǎn)錄出的向?qū)NA分子,和另外一種協(xié)助RNA分子。具體工作原理,首先,CRISPR轉(zhuǎn)錄出的向?qū)NA分子會根據(jù)自己的特定序列,靶向鎖定DNA上的特定位置,然后在協(xié)助RNA分子的作用下,cas9蛋白質(zhì)會和向?qū)NA分子結(jié)合,把這個特定位置的DNA雙鏈切斷。

  在這個過程中,向?qū)NA有點像導(dǎo)航系統(tǒng),精確制導(dǎo)到要進(jìn)行基因編輯的DNA位置,而cas9蛋白質(zhì)則是火力系統(tǒng),負(fù)責(zé)對DNA進(jìn)行精確打擊,協(xié)助RNA分子則負(fù)責(zé)把這兩個系統(tǒng)連接在一起。而且,相比于Ⅰ型內(nèi)切酶,這個系統(tǒng)的優(yōu)勢非常明顯,那就是科學(xué)家們可以很輕松地編輯向?qū)NA分子的序列,這樣一來,這套系統(tǒng)就能指哪兒打哪兒,讓科學(xué)家們隨心所欲地在需要的位置把基因切開。

  在發(fā)現(xiàn)這個機制之后,為了更方便地應(yīng)用,作者的團(tuán)隊又開動腦筋,巧妙地把向?qū)NA分子和協(xié)助RNA分子連接起來,形成了一種新的向?qū)NA分子,由它負(fù)責(zé)定位,cas9蛋白質(zhì)負(fù)責(zé)切割,簡單高效。作者把這種基因編輯工具命名為CRISPR-Cas9基因編輯技術(shù),簡稱CRISPR技術(shù)。

  2012年這項技術(shù)誕生之后,迅速在基因編輯領(lǐng)域引起巨大轟動,因為它功能強大,價格低廉,使用方便,讓基因編輯的可行性大大提升。在此之前,基因編輯工具設(shè)計復(fù)雜,成功率很低,而且價格昂貴,所以很難推廣使用。但CRISPR技術(shù)可以很輕松地設(shè)計出便利的基因編輯工具,整個過程只需要幾天時間,而且不需要額外培訓(xùn)。過去需要多年實驗室訓(xùn)練才能完成的工作,如今只要一個高中生就能勝任了。有專家推測,現(xiàn)在建立一個CRISPR基因編輯實驗室,只需要花不到2000美元。這一次,基因編輯的大門,真正地向人類敞開了。

  科學(xué)是一把雙刃劍,既有創(chuàng)造力,也有破壞力。所以,為了更好地造福人類,我們該如何看待和應(yīng)用基因編輯技術(shù)呢?基因編輯技術(shù)讓人類有能力按照自己的意志,改寫任何生物的基因。比如植物、動物和人類的。

  我們知道,人們制造轉(zhuǎn)基因作物的初衷是好的,比如抗擊病蟲害,提高農(nóng)作物產(chǎn)量,更好地滿足人類的農(nóng)產(chǎn)品需求。

  比如,科學(xué)家們陸續(xù)制造出了免疫白粉病的小麥、反式脂肪酸含量更低的大豆,還有能抵抗棉鈴蟲的棉花,等等。這些轉(zhuǎn)基因作物性能優(yōu)異,一經(jīng)推出就很快占領(lǐng)市場。截至2015年,美國92%的玉米和94%的大豆,都是轉(zhuǎn)基因作物。雖然優(yōu)勢明顯,每年都有數(shù)以億計的人吃下轉(zhuǎn)基因作物,而且沒出現(xiàn)過什么問題,但轉(zhuǎn)基因作物的安全性仍然飽受質(zhì)疑,比如有調(diào)查顯示,60%的美國人認(rèn)為轉(zhuǎn)基因作物不安全。而且,相比于轉(zhuǎn)基因植物,公眾對轉(zhuǎn)基因動物的接受程度更低。

  比如,在美國獲準(zhǔn)上市的第一種轉(zhuǎn)基因動物,是一種轉(zhuǎn)基因三文魚,這種三文魚在被基因編輯之后,分泌的生長激素更多,生長周期只有原來的一半,而且營養(yǎng)成分也完全相同,但即便如此,轉(zhuǎn)基因三文魚還是受到嚴(yán)厲,有人把它稱為“怪獸魚”。根據(jù)《》的調(diào)查,有75%的受訪人員表示拒絕食用這種轉(zhuǎn)基因魚。雖然現(xiàn)在科學(xué)家們已經(jīng)制造出了瘦肉含量更高的轉(zhuǎn)基因豬,羊毛長度更長的轉(zhuǎn)基因山羊,但可以想象,這些轉(zhuǎn)基因動物的社會接受度都不會很高。

  那么,作為基因領(lǐng)域的頂尖科學(xué)家,作者是如何看待轉(zhuǎn)基因植物和動物的呢?她認(rèn)為,實際上,幾乎我們吃的每種食物,它們的基因型都被人為改造過,比如,選育種子和配種時用的隨機誘變技術(shù)和雜交技術(shù),本質(zhì)上都是在按照人類需求改變動植物的基因型。從這個意義上說,以CRISPR為代表的轉(zhuǎn)基因技術(shù),和以往的傳統(tǒng)育種手段,在本質(zhì)上沒有什么區(qū)別。

  所以,作者對轉(zhuǎn)基因植物和動物的未來應(yīng)用,抱有樂觀的態(tài)度。她認(rèn)為,未來人類肯定還需要解決很多問題,來確?;蚓庉嫾夹g(shù)應(yīng)用在動植物身上的絕對安全,但人們肯定有智慧去解決這些問題。很顯然,今天我們對轉(zhuǎn)基因動植物安全性的爭論不會輕易停止,但未來,它們造福人類的歷史趨勢是很明顯的。

  比如,在美國,現(xiàn)在有大約12.4萬人在等待,但每年只有2.8萬人能獲得移植器官,大量病人在等待器官的過程中死去,缺乏器官供體是一個很現(xiàn)實的問題??茖W(xué)家們設(shè)想,通過基因編輯技術(shù),人類或許可以改造豬的基因,讓豬生長出可以供人類使用的器官。而且,這項技術(shù)目前已經(jīng)有了初步成果,科學(xué)家們把經(jīng)過基因改造的豬作為移植器官的供體,一顆移植腎臟在狒狒體內(nèi)維持了6個月,一顆移植心臟在另一只狒狒體內(nèi)維持了2年半。目前,這個領(lǐng)域已經(jīng)吸引了大量投資。所以,如果基因編輯技術(shù)真的能拯救人類的生命,提供寶貴的移植器官,那我們真的很難拒絕它。

  那么我們該如何看待基因編輯技術(shù)在人體上的應(yīng)用呢?基因編輯應(yīng)用于人體,最直接的方式是治病。

  比如,最有希望通過CRISPR療法根治的一種遺傳病是乙型地中海貧血癥,這種疾病雖然能通過骨髓移植根治,但患者一般很難找到配型吻合而且愿意捐獻(xiàn)骨髓的供體,而基因編輯就能解決這個問題。醫(yī)生只要從患者體內(nèi)分離出干細(xì)胞,利用CRISPR技術(shù)修復(fù)干細(xì)胞中的乙型球蛋白基因,然后把編輯過基因的細(xì)胞輸回患者體內(nèi),患者就能分化出正常的血紅細(xì)胞,而且,因為供體和受體都是自己,患者在整個過程都不會出現(xiàn)免疫排斥問題,這就為很多人帶來了生命的希望。

  除了遺傳病,基因編輯技術(shù)還可能幫助我們攻克癌癥。為了消滅體內(nèi)的癌細(xì)胞,我們可以通過基因編輯,制造出一種特殊的T細(xì)胞,這種新型T細(xì)胞里引入了一種新的基因,它可以幫助T細(xì)胞識別、靶向鎖定最終消滅癌細(xì)胞,從而治療人的癌癥。這項技術(shù)目前還在探索之中,不過,2015年就有科研機構(gòu)在一名女嬰身上使用過這項技術(shù),通過向女嬰體內(nèi)輸入經(jīng)過基因編輯的T細(xì)胞,成功讓女嬰的白血病得到好轉(zhuǎn)。

  可以說,基因編輯在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有著巨大的使用潛力,但我們也要清醒地認(rèn)識到,這項技術(shù)離成熟應(yīng)用還有很長的距離。比如,基因編輯的準(zhǔn)確性并不能達(dá)到100%,一旦失敗,潛在的風(fēng)險很大。

  在CRISPR技術(shù)中,向?qū)NA能識別20個堿基長度的特定DNA片段,但科學(xué)家們發(fā)現(xiàn),這種識別不是絕對準(zhǔn)確的,如果一個相似的片段只有一兩個堿基不同,CRISPR很可能就會錯誤識別,進(jìn)行錯誤的切割,這種現(xiàn)象被稱為脫靶效應(yīng)。一般來說,脫靶效應(yīng)是一個很普遍的醫(yī)學(xué)現(xiàn)象,比如看看各種藥品的說明書,基本上都會標(biāo)注副作用。但基因編輯的脫靶效應(yīng)格外危險,畢竟普通藥物的副作用在停藥后就會結(jié)束,但基因編輯一旦脫靶,對基因造成的改變就永遠(yuǎn)無法挽回了。

  除了脫靶效應(yīng),人類對各個基因的作用和影響,了解得也很有限。很多疾病的成因非常復(fù)雜,可能是遺傳變異和環(huán)境因素的綜合產(chǎn)物,單純編輯基因不一定有效果。更何況基因編輯還存在次級效應(yīng),可能帶來很多意想不到的復(fù)雜后果。

  比如,修改人體的CCR5基因,理論上會增強人對艾滋病的抵抗力,但同時也會增加人患上西尼羅河病的風(fēng)險;雖然有的基因會增加人患上阿爾茨海默病的風(fēng)險,但研究顯示,這些基因也會提高人在年輕時的認(rèn)知能力。面對基因編輯的復(fù)雜后果,該如何進(jìn)行取舍?如何判斷風(fēng)險?仍然需要社會各界進(jìn)行深入思考。

  如果說基因編輯應(yīng)用在醫(yī)療方面,還能被大多數(shù)人接受的話,那么,將它應(yīng)用在人類胚胎上,試圖去修改人類后代的基因型,則還處在倫理的禁區(qū)。實際上,科學(xué)家們已經(jīng)編輯了大量其他生物的胚胎基因,所以基因編輯人體胚胎,在技術(shù)上其實已經(jīng)不存在問題了。正如我們都知道的,南方科技大學(xué)原副教授賀建奎,就是因為違規(guī)對人體胚胎進(jìn)行了基因編輯,誕下了兩名女嬰,引發(fā)了社會各界的嚴(yán)厲批評和反對,他本人也因此獲刑入獄。

  目前,社會各界都一致同意禁止基因編輯人類胚胎細(xì)胞,主要是因為還有大量倫理問題沒有被解決。首先,如果我們真的對人類胚胎細(xì)胞進(jìn)行基因編輯,那么,人們肯定就不滿足于僅僅把有害的基因改變成正?;颍鴷M(jìn)一步想把它變成更優(yōu)秀的基因。所以,不管一開始人與人之間的基因差距有多小,能負(fù)擔(dān)得起基因改造的富裕階層,肯定會讓自己的后代擁有更優(yōu)秀的基因,這不可避免地會帶來階層固化和基因固化,未來的有錢人會活得更長,體能更好,大腦更聰明。如果這種改變持續(xù)的時間足夠長,那富人和窮人還是同一種生物嗎?這會帶來嚴(yán)重的、不可逾越的社會不公。

  作者說,在未來,基因編輯人類胚胎細(xì)胞是肯定會發(fā)生的,問題只在于何時發(fā)生,還有如何發(fā)生。一方面,基因編輯的成功率會隨著技術(shù)的改進(jìn)不斷提升,遲早會達(dá)到100%的準(zhǔn)確率,這就能避免技術(shù)上的風(fēng)險;另一方面,我們每個人在生命之初,其實都會攜帶從父母生殖細(xì)胞中繼承的50-100個基因突變,而且在人體內(nèi),平均每秒鐘都會出現(xiàn)上百萬個突變,所以人體基因的改變其實是一種常見的自然現(xiàn)象,基因編輯只是讓這種改變有了方向性。所以她認(rèn)為,未來的父母有權(quán)利使用CRISPR技術(shù)來生出更健康的孩子,只要這個過程是安全的,而且不偏袒少數(shù)群體。

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